Хронологически Ys Origin заброшена далеко в темное прошлое серии Ys – события игры стартуют за 700 лет до начала повествования Ys I. Места главных героев тут занимают три абсолютно новых персонажа – Юника Това (Yunica Tovah), Хьюго Факт (Hugo Fact) и загадочный седовласый паренек по кличке «Коготь» (The Claw).